بایوس های UEFI در نوع خود یک سیستم عامل کامل هستند و مانند هر سیستم عاملی میتوانند آسیب پذیر باشند،طی کنفرانس CanSecWest دو محقق امنیتی گفته اند که حتی افراد مبتدی با بکارگیری LightEater میتوانند سیستم ها را در زمان کوتاهی آلوده کنند که هم اکنون سازمان امنیت ملی امریکا از آن بهره می برد.
یک بایوس واکسینه نشده به آسانی میتواند توسط بد افزار یا ویروس آلوده شود،مادربردهای Gigabyte, Acer, MSI, HP و Asus اگر بروزرسانی نشده باشند در خطر هستند .این محققین همچنین گفته اند که نمونه ای از بایوس مادربردهای گیگابایت به طرز ویژه ای غیر ایمن است.این بدافزار از طریق ایجاد System Management Mode میتواند تعداد زیادی از سیستم ها را آلوده کند.
آنتی ویروس ها فقط میتوانند از سیستم عامل حافظت کنند و پاکسازی بایوس مادربرد ها تا بحال تعریف نشده است.